Trong đó, thanh tra hành chính thanh tra hành chính sẽ tập trung thanh tra trách nhiệm của Thủ trưởng các đơn vị trực thuộc Bộ trong việc thực hiện chức năng, nhiệm vụ được giao; việc quản lý công sản; việc quản lý, sử dụng tài chính; việc chấp hành các quy định của Luật Phòng, chống tham nhũng, Luật thực hành tiết kiệm chống lãng phí; thanh tra các đơn vị quản lý, sử dụng vốn nước ngoài; các đơn vị có chức năng tham mưu, cấp phép liên quan đến người dân và doanh nghiệp.
Thanh tra diện rộng tập trung thanh tra chuyên đề kết hợp nhiều lĩnh vực trong đó có thanh tra đối với các dự án có nhiều khiếu kiện, chậm tiến độ, có người nước ngoài sử dụng đất, có lượng xả thải và lượng khí thải lớn; khai thác, sử dụng tài nguyên nước cho mục đích sinh hoạt; việc chấp hành pháp luật về tài nguyên và môi trường.
Thanh tra chuyên ngành khí tượng thủy văn gồm thanh tra việc chấp hành pháp luật về khí tượng thuỷ văn đối với các Chủ công trình phải quan trắc khí tượng thủy văn.
Đối với các lĩnh vực thanh tra chuyên ngành: Tổng cục Quản lý đất đai tập trung vào thanh tra việc quản lý, sử dụng đất của các nông, lâm trường và đất có nguồn gốc từ các nông, lâm trường; việc quản lý, sử dụng đất theo Nghị định số 167/2017/ND-CP ngay 31/12/2017 của Chính phủ về quy định sắp xếp lại, xử lý tài sản công; thanh tra việc chấp hành pháp luật đất đai trong công tác thu hồi, bồi thường, hỗ trợ, tái định cư; giao đất, cho thuê đất, chuyển mục đích sử dụng đất; đăng ký, cấp giấy chứng nhận quyền sử dụng đất; việc sử dụng đất khi thực hiện các dự án khu đô thị, phát triển nhà ở, dự án kinh doanh dịch vụ du lịch có bán biệt thự, căn hộ khách sạn; việc quản lý, sử dụng đất tại các Khu công nghiệp. Tổng cục môi trường tập trung thanh tra việc chấp hành pháp luật về bảo vệ môi trường đối với các đối tượng thuộc danh mục 17 loại hình sản xuất công nghiệp có nguy cơ gây ô nhiễm môi trường. Tổng cục Địa chất và Khoáng sản Việt Nam tập trung thanh tra việc chấp hành pháp luật về khoáng sản. Cục Quản lý tài nguyên nước tập trung thanh tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về tài nguyên nước trong hoạt động thăm dò, khai thác, sử dụng tài nguyên nước, xả nước thải vào nguồn nước, việc thực hiện quy trình vận hành liên hồ chứa trên một số lưu vực sông. Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam tập trung thanh tra việc chấp hành các quy định của pháp luật về tài nguyên, môi trường biển và hải đảo; quyết định giao khu vực biển để thực hiện giấy phép nhận chìm và cấp giấy phép nhận chìm biển.
Ngoài các nội dung thanh tra được định hướng chung nêu trên, các đơn vị trực thuộc Bộ căn cứ vào các văn bản chỉ đạo của cấp trên và tình hình thực tiễn quản lý nhà nước về các lĩnh vực tài nguyên môi trường để xây dựng kế hoạch thanh tra, kiểm tra năm 2021 cho phù hợp.
Các đơn vị tổng hợp dự kiến kế hoạch thanh, kiểm tra gửi về Bộ (qua Thanh tra Bộ) trước ngày 31/10/2020.
