Việc thống nhất chỉ dùng 01 loại giấy phép môi trường (GPMT), bao gồm cả nội dung cấp phép xả nước thải vào công trình thủy lợi đã được lấy ý kiến Thành viên Chính phủ và Chính phủ đã thống nhất khi trình Quốc hội xin ý kiến Dự thảo Luật, thể hiện tại các Tờ trình 125/TTr-CP và số 252/TTr-CP. Phương án này có ưu điểm là:
Một là, khắc phục được tình trạng một đối tượng là nước thải của doanh nghiệp xả thải vào công trình thủy lợi phải thực hiện hai TTHC do hai cơ quan chuyên môn khác nhau thực hiện nhưng lại có nhiều nội dung tương đồng (GPMT và giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi); tạo thuận lợi cho doanh nghiệp;
Hai là, bảo đảm thống nhất nguyên tắc quản lý tổng hợp về tài nguyên nước;
Ba là, đồng bộ trong thẩm quyền, trách nhiệm quản lý về môi trường đối với quá trình hoạt động sản xuất, kinh doanh, dịch vụ của dự án, cơ sở (từ đánh giá sơ bộ tác động môi trường, ĐTM, GPMT);
Bốn là, có sự tham gia của cơ quan quản lý công trình thủy lợi ngay từ giai đoạn ĐTM, cấp phép môi trường đối với các dự án xả nước thải vào công trình thủy lợi, đảm bảo sự đồng bộ giữa các yêu cầu về BVMT với bảo vệ chất lượng nguồn nước công trình thủy lợi (như tại khoản 3 Điều 35b, khoản 2 Điều 44b1);
Năm là, phát huy được vai trò của các cơ quan quản lý nhà nước về BVMT trong việc kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm về xả nước thải vào các công trình thủy lợi của doanh nghiệp.
Tuy nhiên, thực hiện phương án này sẽ phải sửa 01 điểm, 01 khoản và bãi bỏ 01 Điều của Luật Thủy lợi (nội dung liên quan đến cấp giấy phép xả nước thải vào công trình thủy lợi) như tại phương án 1 khoản 2 Điều 173.
Tại Dự thảo Luật được trình Quốc hội tại Kỳ họp thứ 10, UBTVQH đề xuất lấy ý kiến ĐBQH thêm phương án là vẫn có giấy phép “Xả nước thải vào công trình thủy lợi" song song với việc cấp GPMT. Theo Phương án này sẽ không phải sửa Luật Thủy lợi nhưng lại không khắc phục được các bất cập, chồng chéo hiện nay như: một đối tượng là nước thải của doanh nghiệp xả thải vào công trình thủy lợi tiếp tục phải thực hiện hai TTHC có nhiều nội dung tương đồng; không bảo đảm nguyên tắc quản lý tổng hợp về tài nguyên nước; phân tán chức năng quản lý nhà nước đối với đối tượng là nước thải xả vào công trình thủy lợi; việc kiểm tra, thanh tra, xử lý vi phạm hành vi xả nước thải vượt quy chuẩn kỹ thuật vào công trình thủy lợi do các cơ quan quản lý nhà nước về thủy lợi không được kịp thời, thường xuyên, hiệu quả (pháp luật về xử phạt vi phạm hành chính trong lĩnh vực thủy lợi không có chế tài xử lý hành vi này).
Tổng hợp kết quả lấy ý kiến của các Đoàn ĐBQH cho thấy trong số 28 Đoàn ĐBQH đưa ra ý kiến lựa chọn có 22 Đoàn đề nghị thực hiện theo phương án Chính phủ đã trình Quốc hội tại Tờ trình số 252/TTr-CP.
Do vậy, Bộ TN&MT đề nghị Chính phủ tiếp tục khẳng định quan điểm chỉ sử dụng 01 loại GPMT, bao gồm cả nội dung xả nước thải vào công trình thủy lợi, như nội dung đã được các Thành viên Chính phủ biểu quyết và được Chính phủ trình Quốc hội tại các Tờ trình số 125/TTr-CP và số 252/TTr-CP.
